隨著長崎的告破，鹿兒島和福岡那些敗退下來的倭寇只能紛紛往九州以東的阿蘇山靠攏，意圖從大本港口逃回本州島。此時明朝在九州島布置了三路大軍，故意在東面留出一道缺口，在兵法是叫圍師必闕，目的是防止倭寇狗急跳墻后跟遠征軍死磕到底。

        當然他們在海上并不安全，因為南居益、鄭芝龍的水師已經封鎖了瀨戶內海，不但本州島的倭寇無法進出，就連四國島、九州島也被孤立起來。畢竟這兩地屬于日本的貧困地區，其中又屬九州薩摩不是薩摩耶地區的民風最為彪悍，二戰時在中國犯下滔天罪行的戰犯多數就出自這里。

        這場陸海協同的戰役終以明軍大獲全勝而停止，朱由校順利的實現了第一階段的目標。此時已進入盛夏，根據季風的規律很快便進入臺風多發的時節，所以他命令大軍全線轉入防御狀態，同時任命朝鮮和呂宋的移民為當地官吏，著手清理島上那些負隅頑抗的倭寇和間諜。

        德川忠長本以為明朝會乘勝追擊，這樣他就可以順利的占領江戶，成為幕府的第三代將軍。可是明軍突然全面收縮防線，這讓他措手不及。此時他已在江戶外圍擺開了進攻的陣勢，失去明軍的牽制后兩翼便暴露出來，德川家光敏銳的覓得這一戰機，命令幕府軍全線壓上。

        由于雙方都是破釜沉舟，誰也沒想過要后退，所以這場交戰非常慘烈。幕府軍利用人數的優勢不斷壓縮德川忠長的陣地，將他們趕到海邊后立即修筑城墻，挖掘戰壕，想把德川忠長困死在沙灘上。此時德川忠長才如夢初醒，他從一開始就被明朝皇帝玩弄于鼓掌之間，明朝要的不僅僅長崎，而是整個日本。

        對于德川忠長的全軍覆滅，南居益和鄭芝龍在海上看的非常清楚，有幾次他們起了惻隱之心，想把德川忠長接到長崎，可是朱由校的命令是不得同情任何倭人，否則按通敵叛國的罪名滿門抄斬。在這種高壓政策下，明軍將士沒有人敢違抗軍令，也因此避免了很多非戰斗減員。

        十月過后，季風退去，四國境內的織田信衡早已迫不及待的登上明朝的艦船，朝著神戶進發。這半年多的時間里，他已將四國島折騰了個底朝天，凡是德川幕府的官吏、家臣或是支持者都被他就地處決，致使原本就人煙稀少的島內如今更是荒無人煙。

        此番出征他可謂傾巢出動，在明朝水師的幫助下源源不斷的進入江戶外圍。在他看來這是天賜良機，德川家族的內耗已經讓原本就疲于應付的幕府雪上加霜，只要自己全力攻打江戶，整個日本唾手可得。不得不說織田信衡的判斷力非常準備，他本是織田信長的嫡長孫，進入本州島后得到很多倭人的支持，沿途不斷有織田家臣和浪人加入，大軍浩浩蕩蕩的逼近大阪。

        等到織田信衡的軍隊兵臨城下時，德川家光才意識到明朝的皇帝并未打算當一名看客，無論德川忠長還是織田信衡，他們的身后都有明朝的軌跡。此時明朝的軍艦就在江戶外海警戒，他不清楚對方的作戰目標是什么，但如此興師動眾絕不會只為了一座長崎城。

        面對兩線夾擊，德川家光決定派出使者前往明軍大營進行談判，同時傾盡全力攻打西邊的織田軍隊，他認為只要能在最短的時間內消滅織田信衡，他的部下將士氣大振，屆時利用地形與明軍在島內展開周旋，鹿死誰手還未可知。

        本著要與織田信衡拼命的架勢，德川幕府迅速調集本州境內的主力部隊增援江戶，并在大阪阻截織田信衡的前鋒部隊。雙方早就是老熟人了，見面后無需問候便廝殺到一處，由于日本本身并不制造火器和彈藥，很快這群倭人便退回到了冷兵器時代，大刀、長矛、弓箭、板磚又成為搶手貨。

        正當織田信衡和德川家光在大阪進入拉鋸戰之時，朱由校向雙方分別發出外交照會，要求他們確保當地華商的安全，同時以保護后水尾天皇為由，命令洪承疇和蔣德璟率七萬主力進駐江戶城內，秘密展開第二階段的作戰計劃。

        對于明朝突然展開的軍事行動，德川家光異常惱火，他費了九牛二虎之力趕走了西洋人，如今卻被明軍出虛而入。可是沒有實力的憤怒是毫無意義的，面對人數占優、裝備精良的明軍他只能笑臉相迎，并同意將后水尾天皇及其家眷全部交由戚興國的羽林保護，很快他們便被接到南京，在奉天殿等待朱由校的召見。

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