此時歐洲大陸已經陷入三十年戰爭，西班牙的日子并不好過，先是海上的無敵艦隊被英格蘭人打敗，導致美洲的利益損失大半；而后尼德蘭在明、英的支持下獨立，自己在歐洲的地位嚴重削弱。如今克倫威爾重提當年的呂宋慘案，西班牙使者阿拉貢內心非常氣憤，小心翼翼的說道：

        “大明皇帝陛下，今天是您大喜的日子，本使帶來了西班牙最真誠的祝福和豐厚的禮物，希望兩國能盡釋前嫌，共同在貿易中獲利。本使聽說您的一位愛妃乃是波斯公主，當年就是被謝利兄弟販賣到了阿拉伯一帶，幾經波折最后才來到大明王朝，可見好事多磨，有情人終成眷屬?！?br>
        謝利兄弟曾經是波斯的軍事顧問，深得阿巴斯大帝的信任，不料他們卻做出如此禽獸不如的事情，為此波斯已經明令禁止英格蘭人在境內活動。阿拉貢提及此事，一是反擊克倫威爾，二是想離間明朝和英格蘭的關系。

        朱由校當然明白他的意思，心里暗罵兩國都不是什么好鳥，可呂宋慘案對于明朝來說影響更大一些。所謂前事不忘后事之師，嘉靖年間西班牙東印度公司的雷加斯比來到菲律賓進行殖民掠奪，并在馬尼拉修建城堡。

        當他發現明朝北有韃靼和土蠻，西南有土司叛亂，東南倭寇橫行，加上內地災情不斷，就寫信給西班牙國王菲利普二世發兵入侵明朝，后因西班牙陷入王室繼承危機才不了了之。明朝雖然免于一場外患，但是萬歷三十年閻應龍、張嶷等人在呂宋開采金礦，引起了西班牙殖民者的恐懼和覬覦，次年大規模屠殺當地的華人，受害者多達二萬五千人。

        朱由校從宮廷檔案中調出了該案的卷宗，發現神宗皇帝只是斬殺了張嶷，對西班牙人卻沒有任何懲罰，悲憤之余他派遣熊文燦、顏思齊率水師圍住馬尼拉，用重炮射殺城內的西班牙人和倭人，將呂宋島納入明朝領地。事后腓力四世為了避免與明朝為敵，委派阿拉貢為駐華大使和東印度公司總督，將當年參與呂宋屠殺的幾名頭領交予大理寺，希望兩國能夠修好通商。

        如今明朝與波斯、日本進行政治聯姻，腓力四世明白這將影響以后亞洲的局勢，本想借著這個機會再次向明朝示好，盡量維護他們在東方的貿易利益。阿拉貢不辱使命，前期做了大量的鋪墊，沒想到半路殺出了克倫威爾，差點讓他攪了局，繼續申辯道：

        “那次不愉快的事件完全是東印度公司的個人行為，我們的國王腓力大帝為此深表惋惜。為了挽回兩國的邦交關系和貿易往來，不但主動將幾名要犯交給貴國懲處，并且拿出二十萬兩白銀作為賠償。如今有人不明就里，便想挑撥兩位明君的關系，其險惡用意不可不察?！?br>
        對于阿拉貢的謙遜，朱由校還是比較滿意的。婚禮過后他并沒有沉溺在溫柔鄉，而是與內閣商討在天津劃設外國使館區，謀求與更多的國家建立外交關系，互派使團增進明朝對世界的了解。

        經濟方面，在上海浦東自貿區的基礎上，增加天津海河、青島四方、廣州珠江三個特區，允許外商在這四個城市內定居。同時進一步完善郊區的配套服務，拓寬馳道，增設驛站，使之成為明朝的經濟中心。

        對于明朝的寬松政策，以及開出的優厚條件，不但各國商人趨之若鶩，還吸引了諸多學者、傳教士。他們的著作涉及天文、地理、百工、化學、醫學、經濟學、應用科技、史學、文學、藝術等方面，可以說囊括了歐洲文藝復興的主要成就。在新知識的沖擊下，朝廷開始探索新的教育模式，不再以經史子集為選撥人才的唯一標準，開始重視應用學科，如材料、機械、工程、制造、冶煉等，培養近代工業的專業化人才。

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